Data Analysis Tools for DNA Microarrays
Lingua: inglese
Editore: Chapman and Hall/CRC, 2003
- Rilegato
- Usato
Da: ThriftBooks-Atlanta, AUSTELL, GA, U.S.A.ThriftBooks-Atlanta
Venditore AbeBooks dal 24 marzo 2009
Condizione: Usato - Molto buono
EUR 13,33
Quantità: 1 disponibile
Aggiungi al carrelloDescrizione dell’articolo da parte del venditore
May have limited writing in cover pages. Pages are unmarked. ~ ThriftBooks: Read More, Spend Less.
Codice articolo G1584883154I4N00
- Titolo
- Data Analysis Tools for DNA Microarrays
- Autore
- Sorin Draghici
- Editore
- Chapman and Hall/CRC
- Anno di pubblicazione
- 2003
- Condizione
- Very Good
- Sovraccoperta
- No Jacket
- Rilegatura
- Hardcover
- Lingua
- inglese
- ISBN 10
- 1584883154
- ISBN 13
- 9781584883159
- Peso dell'articolo
- 0,95 libbre
Richly illustrated in color, Statistics and Data Analysis for Microarrays Using R and Bioconductor, Second Edition provides a clear and rigorous description of powerful analysis techniques and algorithms for mining and interpreting biological information. Omitting tedious details, heavy formalisms, and cryptic notations, the text takes a hands-on, example-based approach that teaches students the basics of R and microarray technology as well as how to choose and apply the proper data analysis tool to specific problems.
New to the Second EditionCompletely updated and double the size of its predecessor, this timely second edition replaces the commercial software with the open source R and Bioconductor environments. Fourteen new chapters cover such topics as the basic mechanisms of the cell, reliability and reproducibility issues in DNA microarrays, basic statistics and linear models in R, experiment design, multiple comparisons, quality control, data pre-processing and normalization, Gene Ontology analysis, pathway analysis, and machine learning techniques. Methods are illustrated with toy examples and real data and the R code for all routines is available on an accompanying downloadable resource.
With all the necessary prerequisites included, this best-selling book guides students from very basic notions to advanced analysis techniques in R and Bioconductor. The first half of the text presents an overview of microarrays and the statistical elements that form the building blocks of any data analysis. The second half introduces the techniques most commonly used in the analysis of microarray data.
"Riassunto" può appartenere a un’altra edizione di questo titolo.
Contenuti
INTRODUCTION
Bioinformatics - An Emerging Discipline
The Building Blocks of Genomic Information
Expression of Genetic Information
The Need for Microarrays
MICROARRAYS
Microarrays - Tools for Gene Expression Analysis
Fabrication of Microarrays
Applications of Microarrays
Challenges in Using Microarrays in Gene Expression Studies
Sources of Variability
IMAGE PROCESSING
Introduction
Basic Elements of Digital Imaging
Microarray Image Processing
Image Processing of cDNA Microarrays
Image Processing of Affymetrix Microarrrays
ELEMENTS OF STATISTICS
Introduction
Some Basic Terms
Elementary Statistics
Probabilities
Bayes' Theorem
Probability Distributions
Central Limit Theorem
Are Replicates Useful?
Summary
Solved Problems
Exercises
STATISTICAL HYPOTHESIS TESTING
Introduction
The framework
Hypothesis Testing and Significance
"I Do Not Believe God Does Not Exist"
An Algorithm for Hypothesis Testing
Errors in Hypothesis Testing
Solved Problems
CLASSICAL APPROACHES TO DATA ANALYSIS
Introduction
Tests Involving a Single Sample
Tests Involving Two Samples
Exercises
ANALYSIS OF VARIANCE - ANOVA
Introduction
One-Way ANOVA
Two-Way ANOVA
Quality Control
Exercises
EXPERIMENT DESIGN
The Concept of Experiment Design
Comparing Varieties
Improving the Production Process
Principles of Experimental Design
Guidelines for Experimental Design
A Short Synthesis of Statistical Experiment Designs
Some Microarray Specific Experiment Designs
MULTIPLE COMPARISONS
Introduction
The Problem of Multiple Comparisons
A More Precise Argument
Corrections for Multiple Comparisons
ANALYSIS AND VISUALIZATION TOOLS
Introduction
Box Plots
Gene Pies
Scatter Plots
Histograms
Time Series
Principal Component Analysis (PCA)
Independent Component Analysis (ICA)
CLUSTER ANALYSIS
Introduction
Metric Distances
Hierarchical Clustering
k-Means Clustering
Kohonen Maps (SOFM)
DATA PRE-PROCESSING AND NORMALIZATION
Introduction
General Pre-Processing Techniques
Normalization Issues Specific to cDNA Data
Normalization Issues Specific to Affymetrix Data
Other Approaches to the Normalization of Affymetrix Data
Useful Pre-Processing and Normalization Sequences
Appendix
METHODS FOR SELECTING DIFFERENTIALLY REGULATED GENES
Introduction
Criteria
Fold Change
Unusual Ratio
Hypothesis Testing, Corrections for Multiple Comparisons and Resampling
ANOVA
Noise Sampling
Model Based Maximum Likelihood Estimation Methods
Affymetrix Comparison Calls
Other Methods
Appendix
FUNCTIONAL ANALYSIS AND BIOLOGICAL INTERPRETATION OF MICROARRAY DATA
Introduction
The Gene Ontology
Other Related Resources
Translating Lists of Differentially Regulated Genes into Biological Knowledge
Onto-Express
Summary
FOCUSED MICROARRAYS - COMPARISON AND SELECTION
Introduction
Criteria for Array Selection
Onto-Compare
Some Comparisons
COMMERCIAL APPLICATIONS
Introduction
Significance Testing Among Groups Using GeneSight
Statistical Analysis of Microarray Data Using S-PLUS and Insightful ArrayAnalyzer
SAS Software for Genomics
Spofire's Decision Site
THE ROAD AHEAD
What Next?
Molecular Diagnosis
Gene Regulatory Networks
Conclusions
REFERENCES
"Descrizione articolo" può appartenere a un’altra edizione di questo titolo.
ThriftBooks-Atlanta
AUSTELL, GA, U.S.A.
Venditore AbeBooks dal 24 marzo 2009
Tariffe di spedizione nazionale per U.S.A.
| Articolo | Da 4 a 8 giorni lavorativi | Da 4 a 8 giorni lavorativi |
|---|---|---|
| Primo articolo | EUR 0,00 | EUR 0,00 |
Metodi di pagamento
Descrizione dello Store
ThriftBooks is a fully independent seller of used books, having sold more than 160 million used and new books since we started in 2003. Each quality used book is sorted, graded, shelved and shipped by hand by our team of dedicated employees in our seven warehouses across the US. We have the best selection of books, in the right condition and format, at everyday low prices. We also have a dedicated, US-based Customer Service team, ranked in the top three by Newsweek for Best Customer Service in 2018 and 2019, so you can shop with confidence. We support and invest in our employees, appreciate and value our customers, and truly believe in the power of the written word to educate, energize, and engage readers of all ages and interests.…
Informazioni sull’azienda del venditore
Thrift Books Global, LLC
18300 Cascade Ave S, Ste 150
Seattle, WA U.S.A. 98188
Condizioni di vendita
We guarantee the condition of every book as it's described
on the Abebooks website. If you're dissatisfied with your
purchase (Incorrect Book/Not as Described/Damaged) or if the
order hasn't arrived, you're eligible for a refund within 30
days of the estimated delivery date. If you've changed your
mind about a book that you've ordered, please use the "Ask
bookseller a question link to contact us" and we'll respond
as soon as possible.
Diritto di recesso
Se sei un consumatore puoi recedere dal contratto in conformità con quanto segue. Per Consumatore si intende qualsiasi persona fisica che agisce per scopi estranei alla propria attività commerciale, imprenditoriale, artigianale o professionale.
Informazioni sul diritto di recesso
Diritto legale di recesso
Hai il diritto di recedere dal presente contratto entro 14 giorni senza fornire alcuna motivazione.
Il periodo di recesso scade dopo 14 giorni dal giorno in cui tu o una terza parte, diversa dal vettore e da te indicata, acquisisce il possesso fisico dell'ultimo bene o dell'ultimo lotto o pezzo.
Per esercitare il diritto di recesso, compila e invia elettronicamente una dichiarazione esplicita sul nostro sito Web, alla voce “I miei acquisti” nella sezione “Mio account”. Ti comunicheremo senza indugio una conferma di ricezione di tale recesso su un supporto durevole (ad es. via e-mail).
Per rispettare il termine di recesso, è sufficiente inviare la comunicazione relativa all'esercizio del diritto di recesso prima della scadenza del periodo di recesso stesso.
Effetti del recesso
In caso di recesso dal presente contratto, ti rimborseremo tutti i pagamenti ricevuti, compresi i costi di spedizione (ad eccezione dei costi supplementari derivanti dalla tua eventuale scelta di un tipo di spedizione diverso dal tipo meno costoso di consegna standard da noi offerto).
Potremo effettuare una detrazione dal rimborso per la perdita di valore dei beni forniti, qualora tale perdita sia il risultato di una manipolazione non necessaria da parte tua.
Eseguiremo il rimborso senza indebito ritardo e non oltre 14 giorni dal giorno in cui saremo informati della tua decisione di recedere dal presente contratto.
Il rimborso sarà effettuato utilizzando lo stesso mezzo di pagamento da te usato per la transazione iniziale, salvo che tu non abbia espressamente concordato altrimenti; in ogni caso, non dovrai sostenere alcun costo quale conseguenza di tale rimborso.
Possiamo trattenere il rimborso finché non avremo ricevuto i beni oppure finché non avrai fornito la prova di averli rispediti, a seconda di quale condizione si verifichi per prima.
Dovrai rispedire i beni o consegnarli a ThriftBooks-Atlanta, Dallas, Texas, U.S.A., senza indebito ritardo e, in ogni caso, entro 14 giorni dal giorno in cui ci hai comunicato la tua volontà di recedere dal presente contratto. Il termine è rispettato se rispedisci i beni prima della scadenza del periodo di 14 giorni. I costi diretti della restituzione dei beni saranno a tuo carico. Sei responsabile solo della diminuzione del valore dei beni risultante da una manipolazione diversa da quella necessaria per stabilire la natura, le caratteristiche e il funzionamento dei beni stessi.
Eccezioni al diritto di recesso
Il diritto di recesso non si applica a:
- La fornitura di giornali, periodici o riviste ad eccezione dei contratti di abbonamento; e
- La fornitura di contenuto digitale non fornito su un supporto materiale (ad es. su un CD o DVD), se al momento dell'invio dell'ordine hai accettato l'inizio dell'esecuzione e hai riconosciuto che non avresti potuto recedere una volta iniziata l'esecuzione.
Condizioni di spedizione
All domestic Standard and Expedited shipments are distributed from our warehouses by OSM, then handed off to the USPS for final delivery.
2-Day Shipping is delivered by FedEx, which does not deliver to PO boxes.
International shipments are tendered to the local postal service in the destination country for final delivery – we do not use courier services for international deliveries.