Protein Homology Detection Through Alignment of Markov Random Fields

Lingua: inglese

Editore: Springer International Publishing AG, CH, 2015

331914913X / 9783319149134

Serie: Libro 170 di 322 - SpringerBriefs in Computer Science

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This work covers sequence-based protein homology detection, a fundamental and challenging bioinformatics problem with a variety of real-world applications. The text first surveys a few popular homology detection methods, such as Position-Specific Scoring Matrix (PSSM) and Hidden Markov Model (HMM) based methods, and then describes a novel Markov Random Fields (MRF) based method developed by the authors. MRF-based methods are much more sensitive than HMM- and PSSM-based methods for remote homolog detection and fold recognition, as MRFs can model long-range residue-residue interaction. The text also describes the installation, usage and result interpretation of programs implementing the MRF-based method.

Codice articolo LU-9783319149134

Titolo
Protein Homology Detection Through Alignment of Markov Random Fields
Autore
Jinbo Xu, Sheng Wang, Jianzhu Ma
Editore
Springer International Publishing AG, CH
Anno di pubblicazione
2015
Condizione
New
Rilegatura
Paperback
Lingua
inglese
ISBN 10
331914913X
ISBN 13
9783319149134
Serie
Libro 170 di 322: SpringerBriefs in Computer Science

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