Learning to program is one of the best investments that you can make for your research and your career. Python for biologists is a complete programming course for beginners that will give you the skills you need to tackle common biological and bioinformatics problems.

Why learn programming?

Maybe you see colleagues writing programs to save time and deal with large datasets.
Maybe your supervisor has told you that you need to learn programming for your next project.
Maybe you've been looking at job ads and noticed just how many of them are asking for programming skills.

Table of contents

In chapter one, you'll learn why Python is a good choice for biologists and beginners alike. You'll also learn how to install Python for your operating system and how to set up your programming environment, complete with links to all the free software you'll need.
In chapter two, you'll learn how to manipulate text (including DNA and protein sequences) and how to fix errors in your programs. Exercises: calculating AT content, splicing introns.
In chapter three, you'll learn how to read and write data to and from files. You'll also learn how to deal with file paths and the FASTA file format.Exercises: splitting genomic DNA, writing a FASTA file.
In chapter four, you'll learn how to process many pieces of data in a single program and more advanced tools for sequence manipulation. Exercises: trimming adapter sequences, concatenating exons.
In chapter five, you'll learn how to make Python even more useful by creating your own functions, including the best ways to test those functions in order to speed up development. Exercises: Analyzing the amino acid composition of protein sequences.
In chapter six, you'll learn how to write programs that can make smart decisions about how to handle data and how to make your programs follow complex rules. Exercises: filtering genes based on multiple criteria.
In chapter seven, you'll learn an incredibly powerful tool for working with patterns in text - regular expressions - and how to use it to search in DNA and protein sequences. Exercises: filtering accession names and calculating restriction fragment sizes.
In chapter eight, you'll learn how to store huge amounts of data in a way that can still allows it to be retrived very efficiently. This allows simplification of much of the code from previous chapters. Exercises: translating DNA sequences to protein.
In chapter nine, you'll learn how to make your Python programs work in harmony with existing tools, and how to polish up your programs so that they're ready for other people to use. Exercises: counting k-mers, binning DNA sequences by length.

About the author

Dr. Martin Jones has been teaching biologists to write software for over five years and has taught everyone from postgraduates to PIs. He is currently Lecturer in Bioinformatics at Edinburgh University.

Le informazioni nella sezione "Su questo libro" possono far riferimento a edizioni diverse di questo titolo.

Descrizione libreria

In 2002, World of Books Group was founded on an ethos to do good, protect the planet and support charities by enabling more goods to be reused. Since then, we've grown into to a global company pioneering the circular economy. Today, we drive the circular economy through three re-commerce brands: - Wob: Through Wob, we sell. We provide affordable, preloved books and media to customers all over the world. A book leaves our collection of over seven million titles and begins a new chapter every two seconds, enabling more goods to be reused. - Ziffit: Through Ziffit, we buy. We give people around the world the opportunity to contribute to the circular economy, earn money and protect the planet, by trading their unwanted books and media. - Shopiago: Through Shopiago, we help others. By sharing the technology that has grown World of Books Group into the business it is today, we?re helping charities increase revenue and reduce waste through re-commerce.

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Informazioni sull?azienda del venditore

World of Books Ltd
Mulberry House, Woods Way Trading Estate, Goring-By-Sea, BN12 4QY, United Kingdom

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Diritto di recesso

Se sei un consumatore, puoi esercitare il tuo diritto di recesso seguendo le istruzioni riportate di seguito. Per "consumatore" si intende qualsiasi persona fisica che agisca per fini che non rientrano nel quadro della sua attivit� commerciale, industriale, artigianale o professionale.

Informazioni relative al diritto di recesso

Diritto di recesso

Hai il diritto di recedere dal presente contratto, senza indicarne le ragioni, entro 14 giorni.

Il periodo di recesso scade dopo 14 giorni dal giorno in cui

tu acquisisci, o un terzo designato diverso dal vettore e da te acquisisce, il possesso fisico dell'ultimo bene o l'ultimo lotto o pezzo.

Per esercitare il diritto di recesso, sei tenuto a informare WorldofBooks, Unit 21 - Mulberry House, Woods Way Trading Estate, BN12 4QY, Goring-By-Sea, WS, United Kingdom, 44 01903 507544, della tua decisione di recedere dal presente contratto tramite una dichiarazione esplicita (ad esempio lettera inviata per posta, fax o posta elettronica). A tal fine puoi utilizzare il modulo tipo di recesso, ma non e' obbligatorio. Puoi anche compilare e inviare elettronicamente il modulo tipo di recesso o qualsiasi altra esplicita dichiarazione sul nostro sito web, dalla sezione "Ordini" nel "Mio Account". Nel caso scegliessi questa opzione, ti trasmetteremo senza indugio una conferma di ricevimento su un supporto durevole (ad esempio per posta elettronica).

Per rispettare il termine di recesso, � sufficiente inviare la comunicazione relativa all'esercizio del diritto di recesso prima della scadenza del periodo di recesso.

Effetti del recesso

Se recedi dal presente contratto, ti saranno rimborsati tutti i pagamenti che hai effettuato a nostro favore, compresi i costi di consegna (ad eccezione dei costi supplementari derivanti dalla tua eventuale scelta di un tipo di consegna diverso dal tipo meno costoso di consegna standard da noi offerto). Potremo trattenere dal rimborso le somme derivanti da una diminuzione del valore del prodotto risultante da una tua non necessaria manipolazione.

I rimborsi verranno effettuati senza indebito ritardo e in ogni caso non oltre 14 giorni dal giorno in cui siamo stati informati della tua decisione di recedere dal presente contratto.

Detti rimborsi saranno effettuati utilizzando lo stesso mezzo di pagamento da te usato per la transazione iniziale, salvo che tu non abbia espressamente convenuto altrimenti; in ogni caso, non dovrai sostenere alcun costo quale conseguenza di tale rimborso. Il rimborso pu� essere sospeso fino al ricevimento dei beni oppure fino all'avvenuta dimostrazione da parte tua di aver rispedito i beni, se precedente.

Ti preghiamo di rispedire i beni o di consegnarli a WorldofBooks, Unit 21 - Mulberry House, Woods Way Trading Estate, BN12 4QY, Goring-By-Sea, WS, United Kingdom, 44 01903 507544, senza indebiti ritardi e in ogni caso entro 14 giorni dal giorno in cui hai comunicato il tuo recesso dal presente contratto. Il termine � rispettato se rispedisci i beni prima della scadenza del periodo di 14 giorni. I costi diretti della restituzione dei beni saranno a tuo carico. Sei responsabile solo della diminuzione del valore dei beni risultante da una manipolazione del bene diversa da quella necessaria per stabilire la natura, le caratteristiche e il funzionamento dei beni.

Eccezioni al diritto di recesso

Il diritto di recesso non si applica in caso di:

fornitura di giornali, periodici e riviste ad eccezione dei contratti di abbonamento per la fornitura di tali pubblicazioni;
fornitura di contenuto digitale (inclusi applicazioni, software, ebook, MP3, ecc.) mediante un supporto non materiale (per esempio un CD o un DVD) se al momento dell'inoltro dell'ordine hai espressamente consentito all'inizio dell'esecuzione accettando la perdita del diritto di recesso in conseguenza dell'inizio di esecuzione.

Modulo di recesso tipo

(Compilare e restituire il presente modulo solo se si desidera recedere dal contratto)

Destinatario: (WorldofBooks, Unit 21 - Mulberry House, Woods Way Trading Estate, BN12 4QY, Goring-By-Sea, WS, United Kingdom, 44 01903 507544)

Con la presente io/noi (*) notifichiamo il recesso dal mio/nostro (*) contratto di vendita dei seguenti beni/servizi (*)

Ordinato il (*) /ricevuto il (*)

Nome del/dei consumatore(i)

Indirizzo del/dei consumatore(i)

Firma del/dei consumatore(i) (solo se il presente modulo � notificato in versione cartacea)

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