Computational Approaches for Transcriptome Cancer Analysis by RNA-Seq
Lingua: inglese
Editore: LAP LAMBERT Academic Publishing, 2016
- Brossura
- Nuovo
Da: AHA-BUCH GmbH, Einbeck, GermaniaAHA-BUCH GmbH
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nach der Bestellung gedruckt Neuware - Printed after ordering - RNA-Seq provides an ideal platform to study the complete set of transcripts for a specific developmental stage or physiological condition. It reveals not only expression-level changes, but also structural changes in the coding sequences, including gene rearrangements. In this dissertation, I present my contributions to the development of computational tools for the robust and efficient analysis of RNA-Seq data to support cancer research. To automate the laborious and computationally intensive procedure of RNA-Seq data management, I worked on the development of Hydra, an RNA-Seq pipeline for the parallel processing and quality control of large numbers of samples. I then present QueryFuse, a novel gene-specific fusion-detection algorithm for aligned RNA-Seq data. It is designed to help biologists find and/or computationally validate fusions of interest quickly, and to annotate the detected events with visualization and detailed properties of the supporting reads. Finally, I contributed to the identification of a novel fusion event in lymphoma, with potential therapeutic implications in clinical samples. I validated this fusion in silico and by experimental validation.…
Codice articolo 9783659870873
- Titolo
- Computational Approaches for Transcriptome Cancer Analysis by RNA-Seq
- Autore
- Yuxiang Tan
- Editore
- LAP LAMBERT Academic Publishing
- Anno di pubblicazione
- 2016
- Condizione
- Neu
- Rilegatura
- Taschenbuch
- Lingua
- inglese
- ISBN 10
- 3659870870
- ISBN 13
- 9783659870873
- Peso dell'articolo
- 179 grammi
- Dimensioni
- 220x150x8 mm
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