Computational Approaches for Transcriptome Cancer Analysis by RNA-Seq

Lingua: inglese

Editore: LAP LAMBERT Academic Publishing Mai 2016, 2016

3659870870 / 9783659870873

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This item is printed on demand - it takes 3-4 days longer - Neuware -RNA-Seq provides an ideal platform to study the complete set of transcripts for a specific developmental stage or physiological condition. It reveals not only expression-level changes, but also structural changes in the coding sequences, including gene rearrangements. In this dissertation, I present my contributions to the development of computational tools for the robust and efficient analysis of RNA-Seq data to support cancer research. To automate the laborious and computationally intensive procedure of RNA-Seq data management, I worked on the development of Hydra, an RNA-Seq pipeline for the parallel processing and quality control of large numbers of samples. I then present QueryFuse, a novel gene-specific fusion-detection algorithm for aligned RNA-Seq data. It is designed to help biologists find and/or computationally validate fusions of interest quickly, and to annotate the detected events with visualization and detailed properties of the supporting reads. Finally, I contributed to the identification of a novel fusion event in lymphoma, with potential therapeutic implications in clinical samples. I validated this fusion in silico and by experimental validation. 108 pp. Englisch.…

Codice articolo 9783659870873

Titolo
Computational Approaches for Transcriptome Cancer Analysis by RNA-Seq
Autore
Yuxiang Tan
Editore
LAP LAMBERT Academic Publishing Mai 2016
Anno di pubblicazione
2016
Condizione
Neu
Rilegatura
Taschenbuch
Lingua
inglese
ISBN 10
3659870870
ISBN 13
9783659870873
Peso dell'articolo
179 grammi
Dimensioni
220x150x7 mm

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Bergisch Gladbach, Germania

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